Jika India punya Taj Mahal, maka Kepri punya Masjid Agung Natuna. Bangunan yang megah dengan arsitektur dan ornamennya yang indah membuat masjid ini tidak hanya menjadi destinasi wisata religi namun juga menjadi daya tarik tersendiri bagi masyarakat sekitar maupun wisatawan yang berkunjung ke Natuna.
Masjid yang berada di ibukota Kabupaten Natuna ini menjadi masjid terbesar dan termegah di Provinsi Kepulauan Riau, dengan satu barisan shaf di dalam masjid memuat hingga 180 jemaah. Dengan pemandangan latar belakang Gunung Ranai dan udara yang sejuk membuat Masjid ini semakin menarik untuk dikunjungi.
Pada keempat sisi Masjid Raya Natuna terdapat menara, yang dimaknai sebagai simbol empat sahabat Rasulullah. Bagian tengah masjid diterangi cahaya alami dari kubah masjid. Dan sebagian lantai satu diterangi dari bukaan di atas pintu masuk yang cukup besar. Pintu masuk memiliki lengkung dengan bagian atasnya lancip. Dua pintu utama di sisi kiri dan kanan gedung menghadap ke kiblat juga mengarahkan nuansa ruang menjadi terfokus pada sumber cahaya Illahi. Bagian mihrab atau mimbar yang besar dengan latar belakang desain labirin busur lancip dari kayu semakin memperkuat kesan gotik.
Masjid Agung Natuna memiliki kubah berjumlah 20 buah yang disusun dalam 3 tingkatan. Desain kubah bertingkat ini mirip dengan desain Masjid Raya Sulaimaniah yang ada di Turki. Tiap tingkatan kubah memiliki makna filosofis yang berbeda-beda. Pada tingkatan yang tertinggi terdapat satu kubah utama yang paling besar. Kubah utama ini melambangkan sifat ihsan, yang dalam agama Islam merupkan tingkatan keimanan yang tertinggi. Pada tingkatan di bawahnya terdapat 6 buah kubah yang lebih kecil dari kubah utama, melambangkan jumlah rukun Iman. Pada tingkatan yang paling bawah terdapat 12 kubah yang mengelilingi kubah yang ada di atasnya yang merupakan simbol hari kelahiran Nabi Muhammad SAW (Maulid Nabi). Ornamen pintu Masjid Raya Natuna mengambil inspirasi dari Al Quran dan memiliki bentuk kubah mirip kubah Taj Mahal di India dengan ketinggian 17 meter. Kubah ini yang melambangkan jumlah rakaat sholat dalam sehari. Bagian dalam kubah dihiasi dengan kaligrafi dan desain bermotif bunga.